Vou tentar te explicar:
No seu config vai estar mais ou menos assim:
Código: Selecionar todos// HTTP
define('HTTP_SERVER', 'http://loja2/');
// HTTPS
define('HTTPS_SERVER', 'http://loja2/');
// DIR
define('DIR_APPLICATION', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/catalog/');
define('DIR_SYSTEM', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/system/');
define('DIR_DATABASE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/system/database/');
define('DIR_LANGUAGE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/catalog/language/');
define('DIR_TEMPLATE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/catalog/view/theme/');
define('DIR_CONFIG', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/system/config/');
define('DIR_IMAGE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/image/');
define('DIR_CACHE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/system/cache/');
define('DIR_DOWNLOAD', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/download/');
define('DIR_LOGS', '/home/usuario_ftp/public_html/loja2/upload/system/logs/');
Depois da alteração você vai ter que mudar para tipo isso:
Código: Selecionar todos// HTTP
define('HTTP_SERVER', 'http://loja1/');
// HTTPS
define('HTTPS_SERVER', 'http://loja1/');
// DIR
define('DIR_APPLICATION', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/catalog/');
define('DIR_SYSTEM', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/system/');
define('DIR_DATABASE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/system/database/');
define('DIR_LANGUAGE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/catalog/language/');
define('DIR_TEMPLATE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/catalog/view/theme/');
define('DIR_CONFIG', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/system/config/');
define('DIR_IMAGE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/image/');
define('DIR_CACHE', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/system/cache/');
define('DIR_DOWNLOAD', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/download/');
define('DIR_LOGS', '/home/usuario_ftp/public_html/loja1/upload/system/logs/');