No seu caso, você pode está esbarrando em outros limites, como:
- Limite do tempo de processamento do PHP.
- Limite do tempo de processamento do MySQL.
Pois tanto o PHP como o MySQL tem configurações de timeout, ou seja, se a inserção de dados for muito grande, ambos podem parar no meio do processo porque o tempo deles de processamento acabou.
Neste caso, solicite a sua hospedagem que aumente o tempo de processamento do PHP e se não resolver, peça também o do MySQL, explique o caso, pois geralmente eles não aceitam fazer isso para hospedagens comuns.
Espero ter ajudado.
