Como você mesmo atestou, não se trata de problema com o OpenCart, mas sim com o tema.
Primeiro temos que entender que Cross site scripts são ataques que ocorrem via a linguagem javascript, essa linguagem é utilizada exclusivamente no tema, e logo o problema está sim na forma com que o tema trata as informações que recebe por meio de javascript.
Pode ser que realmente seja um falso positivo, mas cabe aos desenvolvedores desmitificarem isso e lhe ajudar a resolver.
Muito estranho a atitude deles de utilizar uma dúvida sobre o assunto de 2015 para dizer que o problema pode ser no OpenCart, quando no próprio link está provado que não há problema.
Eu trocaria de tema se isso for um problema para a loja, mas a decisão é sua, e saiba que infelizmente com OpenCart ou qualquer outra plataforma, estamos sujeitos a essas dores de cabeça.
Espero ter ajudado.
