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Eu tenho um site que está hospedado numa destas empresas de hospedagem, mas frequentemente eu preciso alterá-lo e atualizá-lo.

Qual a melhor forma de se fazer isso?

Fazer isso diretamente da hospedagem é muito arriscado, porque é teste de novos conteúdos, alterações de conteúdos etc.

Tenho feito assim:
Eu copio o conteúdo do site e rodo em meu pc por localhost via Wampserver.
A primeira pasta funciona bem, só que ao rodar os conteúdos de outras pastas, o sistema sai do localhost e roda o conteúdo que está na hospedagem.

Como fazer com ele rode 100% (ou seja todo o seu conteúdo) em localhost?

Assim, estando tudo certo com novos conteúdos e atualizações, aí sim o retorno à hospedagem de forma atualizada.

Olá @Fer287.

O ideal é ter dois ambientes, um para testes em localhost e um para validação na hospedagem, e o motivo é simples, sua hospedagem tem uma configuração diferente do seu ambiente local, logo faz sentido testar a atualização primeiro em localhost para ter certeza que ela funciona, e depois validar a atualização no ambiente que está na hospedagem, antes de colocar na loja que está em produção (que de fato vende).

O ambiente de teste em localhost deve ser uma cópia da loja online com o banco de dados, conforme você citou que está fazendo, só lembrando que você deve alterar os arquivos abaixo:
config.php
admin/config.php

Editando nos dois arquivos os caminhos para seu ambiente local, assim como as URL para a sua URL em localhost.

O ambiente de validação deve ser uma cópia da loja online com o banco de dados, só que na hospedagem, ou seja, na hospedagem você poderá ter um subdomínio ou pasta em que estará uma cópia da loja, apontando para uma cópia do banco de dados, onde você deve ter o mesmo cuidado de editar os dois arquivos abaixo:
config.php
admin/config.php

Parece complicado, mas é uma maneira simples de fazer testes e validação antes de atualizar a loja que está em produção.

Se você trabalhar com GIT (seria muito interessante você estudar sobre), você pode sincronizar o ambiente de teste em localhost, com o ambiente de validação na hospedagem, agilizando o processo de teste e validação.

Espero ter ajudado.