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Estou com duvida de como fazer a instalação do módulo do pagseguro para a versão 1.5.3, na minha pasta public html possui as pastas admin , catalog e system, e no modulo do pagseguro tambem contem as mesmas pastas, se for fazer upload destas pastas ira pedir para subistituir, como devo proceder?? Alguem tem algum tutorial para seguir?

Não vai substituir vai apenas adicionar novas pastas. A mensagem se substituição se deve porque ambos tem pastas com nomes iguais, mais não vai substituir não.