Aqui continuou muito estranho... É muito espaço para pouco conteúdo. Como disse antes, o ideal é trabalhar com resoluções e não porcentagem. Você colocou o container para 90%, sendo que o melhore resultado seria trabalhar com a propriedade max-width, pois você limita somente a largura máxima e não a mínima.O seus produtos se perdem em resoluções maiores e fica mais estranho ainda porque os elementos ficam alinhados à esquerda...
Se eu fosse vc trocava o "width: 90%;" por "max-width: 980px;" e trabalhava em cima desta largura, pois como disse é pouco conteúdo para muito espaço, o que só faz atrapalhar. Esta propriedade é uma das mais importantes para designs responsívos, por que posso limitar até onde o elemento vai crescer, porém deixando-o encolher. Você pode (e deve) usá-la em vários elementos pelas páginas, como imagens, divs, spans e etc.
O seu slideshow está com alguns problemas, ele chega a exibir as imagens, mas logo após acabar o efeito elas desaparecem e as imagens também não esticam até a largura máxima.
O logo também está com uma margem muito grande à esquerda (92px!) o que está desaliando-o. Ao invés da propriedade margin, use a padding que é mais apropriada para designs responsívos e coloque um valor menor, como 15px.
Outra coisa que se comporta de maneira estranha são os links de controle de conta (Principal, lista de desejos, minha conta...). Vi que você quer alinhá-lo à esquerda e usou a margem negativa, mas isso acabou por fazer este elemento se comportar estranhamente. Vá no arquivo do template (header.tpl) recorte o div q o contem e cole no final do div do cabeçalho, antes do menu. Também coloque um padding de 15px e você vai ver que vai melhorar. Mas não se esqueça de fazer backup antes

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Moral da história para layouts responsívos:
-Procure não alinhar os elementos com a propriedade margin, use o padding.;
-Se não for possível alinhar com padding, volte pro básico e coloque o código na ordem necessária e não use "gambiarras" para este alinhamento;
-Tenha em mente "áreas de resolução de telas" e trabalhe com a largura máxima que será permitida para cada "área";
- Sempre teste em todas resoluções possíveis. Se vc não tem acesso a uma resolução maior, vc pode criar um simples arquivo html com um iframe com a largura desejada. Deste modo vc poderá ter uma boa ideia de como ela se comportará;
- Se a sua página não tem conteúdo suficiente para preencher todo o espaço horizontal, não estique o seu container. Simplesmente fixe o container para a largura máxima padrão da atualidade: 980px.
Ufa, foi mal pelo livro, mas espero q ajude em algo ;D