Não entendi sua necessidade.. ou foi você que não entendeu o funcionamento do Sedex a Cobrar (mais informações:
http://www.correios.com.br/produtosaz/p ... 9BC7B969B2)
Resumidamente: no Sedex a Cobrar, você paga o Sedex (igual o preço do Sedex normal) mas o seu cliente tem que retirar o produto na agência dos Correios e pagar o valor do produto na hora da retirada.
Você pode cobrar o Sedex do seu cliente na hora do fechamento do pedido na sua loja usando método "Sedex a Cobrar" (que tem o valor apenas da postagem, como você mesmo disse) do módulo dos Correios e habilitando o método de pagamento "Pagamento na entrega" para que o cliente pague somente o frete (e não o produto) na hora da finalização do pedido na sua loja. Você pode editar o nome que aparece para o cliente (que no pack de tradução da comunidade está como "Pagar quando retirar na loja") no arquivo
catalog/language/portuguese-br/payment/cod.php para "Pagamento ao retirar na agência dos Correios".
Se o valor do frete na loja for estipulado com o valor do produto + frete, ele vai pagar produto + frete na etapa de envio e novamente o preço dos produtos que estão no carrinho... por isso não entendi sua necessidade (se ele vai pagar na sua loja, porque que o Sedex seria "a cobrar")?