Não quebre as linhas sem necessidade! Campos de busca, especialmente os envolvidos por CDATA, são campos literais. Gera mais processamento a remoção dessas quebras, espaços e tabulações. Só quebre linhas na tag <add>, exatamente onde quiser exista uma quebra.
Código: Selecionar todos<modification>
<id>Ocuta o modulo Downloads que vem como padrao.</id>
<version>1.0.0</version>
<vqmver>2.1.5</vqmver>
<author>Daniel Jhonatan - daniel_jhonatan123@hotmail.com / www.webdesigndaniel.com.br</author>
<file name="admin/view/template/common/header.tpl"><!-- Ocuta do Menu da Administracao -->
<operation error="log">
<search position="replace"><![CDATA[<li><a href="<?php echo $download; ?>"><?php echo $text_download; ?></a></li>]]></search>
<add><![CDATA[]]></add>
</operation>
</file>
<file name="admin/view/template/catalog/product_form.tpl"><!-- Ocuta da Aba LIGACAO no cadastro no produto -->
<!-- primeira operacao troca esta linha foreach e as 4 anteriores por apenas ela mesma (as 4 anteriores somem) -->
<operation error="log">
<search position="replace" offset="-4"><![CDATA[<?php foreach ($downloads as $download) { ?>]]></search>
<add><![CDATA[<?php foreach ($downloads as $download) { ?>]]></add>
</operation>
<!-- segunda operacao troca esta linha foreach e as 11 seguintes por NADA ou seja completa a remocao do bloco -->
<operation error="log">
<search position="replace" offset="13"><![CDATA[<?php foreach ($downloads as $download) { ?>]]></search>
<add><![CDATA[]]></add>
</operation>
</file>
</modification>
mas uma forma mais correta, seria simplesmente colocar o atributo display com o valor none nesta <tr>, pois se algum produto já tiver atribuição a downloads depois de aplicar esse mod acima, as informações de produtos editados serão perdidas (o formulario é enviado sem o campo product_download[] pois você o removeu.
Código: Selecionar todos<modification>
<id>Ocuta o modulo Downloads que vem como padrao.</id>
<version>1.0.0</version>
<vqmver>2.1.5</vqmver>
<author>Daniel Jhonatan - daniel_jhonatan123@hotmail.com / www.webdesigndaniel.com.br</author>
<file name="admin/view/template/common/header.tpl"><!-- Ocuta do Menu da Administracao -->
<operation error="log">
<search position="replace"><![CDATA[<li><a href="<?php echo $download; ?>"><?php echo $text_download; ?></a></li>]]></search>
<add><![CDATA[]]></add>
</operation>
</file>
<file name="admin/view/template/catalog/product_form.tpl"><!-- Ocuta da Aba LIGACAO no cadastro no produto -->
<operation error="log">
<search position="replace" offset="-1"><![CDATA[<td><?php echo $entry_download; ?></td>]]></search>
<add><![CDATA[<tr style="display:none;">
<td><?php echo $entry_download; ?></td>]]></add>
</operation>
</file>
</modification>