Tópico antigo mas vou responder no interesse de deixar registrado para outros usuários.
Como o Manoel apontou, o multilojas serve para o mesmo dono administrar várias lojas (por exemplo: Americanas, Submarino e Shoptime são todas do mesmo dono, a B2W

)
O recurso que você procura se chama 'multi-vendor' ou 'virtual mall', que é o que permite que cada vendedor gerencie somente os seus produtos e pedidos (a la MercadoLivre). O OpenCart atualmente não possui tal recurso, mas outros sistemas de loja virtual possuem.
Outra solução para este problema seria fazer multi-instalações. Se a sua hospedagem é bem generosa no espaço em disco e no banco de dados e oferece o recurso de domínios adicionais, nada impede você de instalar várias vezes o OpenCart. Cada domínio adicional pode ser associado a uma pasta na raiz da hospedagem (
www.loja1.com.br => /www/loja1/,
www.loja2.com.br => /www/loja2/, etc) e você pode instalar cada loja usando um prefixo de tabela diferente, ou um banco de dados diferente. O único problema com essa solução é que cada loja é independente e você terá de atualizá-las uma a uma quando sair uma nova versão.
Teoricamente seria possível fazer com que várias lojas rodem em cima de uma única instalação mas com tabelas diferentes, como já acontece com o recurso Multisite do Wordpress. Mas isso vai ficar a critério dos programadores, e acho que eles não têm isso como prioridade tão logo.