A versão 1.5.4.1 não tem problema algum com formas de pagamento ou frete. Creio que realmente se trata de algo especificadamente em sua loja, alguma modificação, extensão, vqmod ou o próprio tema (template) podem está causando o erro.
Entenda que esse erro é genérico, ou seja, pode significar uma série de problemas.
O que aconselho é que faça uma outra instalação da loja e coloque apenas a tradução e a moeda Real (sem o seu tema novo), depois instale o módulo do PagSeguro e faça um teste de compra, se tudo funcionar como o esperado, ou seja, a compra for finalizada, então vá adicionando um a um os novos recursos como temas e extensões, sendo que a cada novo recurso faça um teste para verificar se está tudo funcionando, assim você vai descobrir quem está ocasionando o erro.
Espero ter ajudado.

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